白蚁的后肠含有大量耐氧的和兼性需氧的细菌。白蚁理论研究者对北美散白蚁的研究揭示，发酵碳水化合物的合细菌在白蚁肠道内的浓度相似。在有氧条件下，所有被分离出的兼性厌氧和严格需氧的细菌，都能完全氧化葡萄糖、纤维二糖和木糖，以及氧化包括乙酸在内的一些发酵产物。酎氧细菌将上述的糖类发酵成乳酸，并且在缺氧时仅能发酵乳酸。乳酸不会在白纹后肠中积累，这可能是一些细菌的代谢作用所致，例如，白蚁研究人员从北美散白蚁中分离出肠球菌RfL6菌株。用葡萄糖培养FfL6菌株，当氧分压增高时，该菌株从产乳酸转变成产乙酸，即在有氧条件下可将乳酸氧化成乙酸。然而，在白蚁缺氧的肠道中心产生的乳酸，必须通过不同的机制才能被氧化成乙酸。（或者将乳酸扩散到微氧区进行氧化）白蚁研究人员从北美散白蚁中分离出许多拟杆菌菌株，这些菌株能将乳酸发酵成乙酸、丙酸和二氧化碳。

　　在某些白蚁体内存在着硫酸盐还原细菌，这些细菌可促进乳酸或氢的氧化。