白蚁体内微生物极为丰富，除了髙等白蚁科的多数类群外，低等白蚁类群都含有数量很多的单细胞生物，其中包括了原生动物中的四个纲，鞭毛纲、肉足纲、孢子虫纲、纤毛纲，鞭毛纲大多属于多鞭毛目和超鞭毛目。除了原生动物，尚有细菌等，已经鉴定了的原生物有300多种，同一种白蚁的肠内可有许多种微生物，而不同种的白蚁则有不同种组合的微生物相。因此，有人根据肠内微生物种类的组成，进行白蚁种类的鉴定。

　　肠内微生物与白蚁之间形成相互依存、共同发展的共生关系，它们在消化道内获得营养，而白蚁依靠这些微生物的协助，使纤维素转变成白蚁可以吸收的营养物质。白蚁每次蜕皮以后，肠内的微生物也随之失去，所以必须与群体内的其他个体保持密切联系，才能重新恢复肠内的微生物。重新获得这些微生物的方法可能是通过相互喂食或吞食其他个体排出的分泌物，或许还有别的方法，只有重新获得共生物后，白蚁方能进行正常的代谢作用，可见个体之间相互依赖的程度。